Sekolah Kedokteran Muhammadiyah memiliki misi yang jelas, yaitu berperan sebagai pusat kedokteran terkemuka di Indonesia ini. Demi mencapai sasaran tersebut, berbagai program gigih diimplementasikan, seperti pengembangan standar pelatihan, investigasi mutakhir, dan dedikasi bagi masyarakat luas. Ditambah itu, Fakultas juga berfokus pengembangan et